Strukturę Uniwersytetu tworzą jednostki organizacyjne, które realizują zadania w zakresie: kształcenia studentów i doktorantów; doskonalenia kadry naukowej i dydaktycznej; prowadzenia badań naukowych; działalności eksperckiej, doradczej i gospodarczej; prowadzące działalność wspomagającą i pomocniczą na rzecz jednostek realizujących zadania oraz prowadzące działalność administracyjną, zaliczane do administracji Uniwersytetu:

• sześć wydziałów: Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Biotechnologii, Wydział Leśny i Technologii Drewna, Wydział Medycyny Weterynaryjnej i Nauk o Zwierzętach, Wydział Nauk o Żywności i Żywieniu, Wydział Inżynierii Środowiska i Inżynierii Mechanicznej, Wydział Ekonomiczny,
• dwie ogólnouczelniane jednostki dydaktyczne: Studium Języków Obcych, Centrum Kultury Fizycznej,
• Biblioteka i Centrum Informacji Naukowej,
• Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu,
• Centrum Innowacji i Transferu Technologii,
• Centrum Kształcenia Ustawicznego,
• Centrum Wsparcia i Rozwoju,
• Centrum E-learningu,
• Dziesięć zakładów doświadczalnych: Rolnicze Gospodarstwa Doświadczalne: Brody, Dłoń, Swadzim; Rolniczo-Sadownicze Gospodarstwo Doświadczalne Przybroda; Łowieckie Gospodarstwo Doświadczalne Zielonka; Leśne Zakłady Doświadczalne: Murowana Goślina i Siemianice; Zakłady Doświadczalne: Żywienia Zwierząt Gorzyń oraz Technologii Produkcji Pasz i Akwakultury Muchocin; Zakład Doświadczalno-Dydaktyczny Uprawy Roli i Roślin Gorzyń z siedzibą w Poznaniu;
• administracja centralna,
• Zespół Szkół Przyrodniczych w Poznaniu.